Modul Praktikum Dasar-Dasar Bioteknologi

Modul Praktikum Dasar-Dasar Bioteknologi

Praktikum I : Visualisasi Ekstraksi DNA
Tujuan :
Mengetahui cara mengekstraksi DNA secara sederhana
Melihat presipitasi DNA
Landasan Teori
DNA merupakan suatu polimer besar dengan property karakteristik fisik yang unik. Eksploitasi ukuran dan struktur kimia DNA dapat dilakukan dengan isolasi dan purifikasi.
Sebagian besar teknik isolasi DNA memerlukan lisis sel, yang dilanjutkan dengan ekstraksi protein dengan menggunakan larutan organic berbasis fenol dan presipitasi DNA dalam ethanol. Kemurnian DNA dapat diketahui dengan menggunakan spektrofotometri dengan menghitung ratio hasil pengamatan pada panjang gelombang 260 nm dan 280 nm = 1,8. Keutuhan relative DNA dapat dilakukan dengan gel elektroforesis. Apabila purifikasi diperlukan, metode kromatografi bisa digunakan atau dengan penambahan enzim RNase.
Bahan dan Alat :
Tabung sentrifuge ukuran 50 ml
Beaker glas
Plastik Zip-lock
Saringan
95 % alcohol (ice cold)
Stawberry / tomat
Lysis buffer : detergent (Shampoo Pantene Pro- V)
Garam iodium
Air destilasi
Enzim

Buat 100 ml buffer lisis dengan cara mengambil 90 ml air steril + 10 ml detergent + ¼ sendok garam, kemudian diaduk hingga garam larut / homogeny.
Prosedur :
Ambil 1 buah strawberry, kemudian dibelah / dibagi menjadi 2 bagian.
Letakkan sebagian strawberry kedalam plastic ziplock dan remas-remas dengan jari tangan hingga menjadi cairan juice.
Tambahkan 10 ml buffer lisis kedalam plastic dan tutup kembali.
Lanjutkan meremas plastic kurang lebih 2-3 menit hingga bercampur/ homogeny dengan larutan juice
Kemudian larutan disaring/filter dan biarkan selama 10 menit
Buang saringan dan ekstrak yang ada
Tuangkan sebanyak 30 ml 95 % alcohol dingin ke dalam tabung sentrifuge 50 ml
Lalu tuangkan larutan yang telah disaring kedalam tabung, tutup tabungnya dan diamati sampai terlihar DNA mulai presipitasi sampai beberapa menit.

Praktikum 2 : Analisis sequen DNA dengan Blast
Tujuan : Mengidentifikasi kekerabatan terdekat sekuen DNA isolate

Landasan Teori :
Ketika sequen suatu fragmen DNA telah diketahui, hanya ada sedikit sekali gambaran yang dapat diperoleh dari sekuens tersebut. Analisis sekuens perlu dilakukan untuk mengetahui beberapa karakteristik pentingnya seperti peta restriksi, rangka baca, kodon awal, dan kodon akhir, atau kemungkinan tempat promoternya. Di samping itu, perlu juga dipelajari hubungan kekerabatan suatu sekuens baru dengan beberapa sekuens lainnya yang telah terlebih dahulu diketahui. Biasanya, analisis semacam itu dilakukan menggunakan RDP, FASTA dan BLAST

Bahan dan alat :
Hasil-hasil sekuen
Komputer
LCD
Internet

Prosedur :
Setelah computer dihidupkan, aktifkan sambungan internet
Cari Web BLAST www.ncbi.nlm.nih.gov./Blast.cgi
Click nucleotide blast
Enter query sequen dengan cara copy/paste
Kemudian setelah semua perintah dilengkapi click submit
Tunggu beberapa saat, dan hasil identifikasi sekuen bisa diamati.
Catat hasilnya untuk laporan praktikum

Praktikum 3 Pengolahan Data hasil identifikasi sekuen Menggunakan Program BioInformatika
Tujuan :
Mengetahui cara membuat pohon filogenetik yang menunjukan tingkat kekerabatan terdekat dengan mikroorganisme yang lain

Prosedur Pengolahan Data hasil identifikasi sekuen Menggunakan Program BioInformatika ClustalX dan NJ Plot.

Bahan dan alat :
Hasil-hasil sekuen
Komputer
LCD
Software Bio informatika ClustalX dan NJ Plot.

Langkah-langkah dalam pengolahan data adalah sebagai berikut :
1. Simpan data nukleotida bakteri yang akan diolah dalam bentuk txt
2. Buka program ClustalX kemudian pilih File kemudian Load
3. Pilih data yang sudah disimpan kemudian pilih Allignment dilanjutkan Do Complete Allignment
4. Pilih Tree kemudian ceklish exclude, boot strap dan draw N-J tree. data akan tersimpan dalam bentuk phb, ph dan dnd
5. Selanjutnya buka program N-J plot
6. Buka ketiga data yang tersimpan dalam format phb
7. Setelah data tampil dilanjutkan dengan edit copy untuk memindahkannya ke dalam word