Selasa, 11 Agustus 2009

Pembuatan Syrup dari Rumput Laut

Pembuatan Syrup dari Rumput Laut

Bahan :
Gula : 3 kg
Air : 4 ltr
Cyclamate : 84 gr
Sakarine : 6,7 gr
Essen : 40 ml
Glukosa : 7 kg
Karagenan : 2 gr
Citrid acid : 6,7 gr
Etilmathol : 2 gr
Garam : 12 gr
Pewarna : secukupnya
Alat :
Timbangan
Gelas ukur
Panci
Kompor gas
Botol
Beker glass
Sendok
Panci pengukus
Nampan
Kardus
Termometer
Tutup botol
Pengaduk
Label
Cara Pembuatan
1.Timbang semua bahan yang dituliskan diatas.
2.Larutkan karagenan dengan air ± 300 ml aduk hingga karagenan terlarut dalam air.
3.Hidupkan kompor, masak air dan setelah mendidih masukkan gua aduk hingga larut.
4.Setelah gula larut masukkan glukosa kedalam panci dan aduk sampai glukosanya berubah menjadi cair / larut.
5.Tutup panci dan biarkan larutan tadi mendidih.
6.Setelah mendidih masukkan sisa bahan kecuali essen (sakarine, cyclamate, benzoat, etilmathol, citrid acid, garam, karagenan, pewarna).
7.Tunggu sampai air mendidih lagi, jika sudah mendidih matikan kompor, kemudian sering larutan syrup.
8.Setelah disaring diamkan hingga suhu turun menjadi 50 0C, kemudian masukkan essen dan Amyl asetat aduk hingga merata / sampai larut.
9.Masukkan larutan ke dalam botol dan tutup.

Untuk informasi lengkap mengenai budidaya dan pembuatan produk dari rumput laut, bisa anda dapatkan di Toko buku terdekat, buku ”Rumput Laut Penghasil Agar-Agar dan Karaginan”.

Jumat, 07 Agustus 2009

Senyawa Antibakteri dan Mekanisme Kerjanya

Senyawa Antibakteri dan Mekanisme Kerjanya

Antibakteri adalah senyawa-senyawa kimia alami yang dalam kadar rendah dapat menghambat pertumbuhan bakteri. Salah satu bahan antibakteri adalah antibiotik. Antimikroba dapat berupa senyawa kimia sintetik atau produk alami. Antimikroba sintetik dapat dihasilkan dengan membuat suatu senyawa yang sifatnya mirip dengan aslinya yang dibuat secara besar-besaran, sedangkan yang alami didapatkan langsung dari organisme yang menghasilkan senyawa tersebut dengan melakukan proses pengekstrakan (Setyaningsih, 2004).
Menurut Volk dan Wheeler (1993), antibiotik berdasarkan kemampuan daya bunuhnya dapat digolongkan menjadi dua, yaitu :
Antibiotik spektrum luas, yaitu antibiotik yang membunuh bakteri gram positif maupun gram negatif. Contoh antibiotik tersebut adalah Tetracycline, Chloramphenicol, Gentamycin, Neomycin dan Spectomycin.
Antibiotik spektrum sempit, yaitu antibiotik yang hanya mampu membunuh bakteri kelompok gram positif saja ataupun bakteri kelompok gram negatif saja. Antibiotik ini efektif untuk melawan satu jenis organisme dan sifatnya selektif. Contoh antibiotik untuk bakteri kelompok gram positif, yaitu Penicillin, Bacetiracin, Clindamycin, Erithromycin, Incomycin dan Novabiosin. Sedangkan untuk bakteri kelompok gram negatif, yaitu Polimycin dan Streptomycin.
Menurut Effionora (1990) dalam Setyaningsih (2004), berdasarkan mekanisme kerjanya antibiotik dibagi menjadi beberapa kelompok, yaitu :
Menghambat metabolisme sel mikroba.
Dengan mekanisme kerja seperti ini diperoleh efek bakteriostatik.
Menghambat sintesis dinding sel mikroba. Antibiotik akan menghambat proses sintesis dinding sel. Tekanan osmotik dalam sel mikroba lebih tinggi daripada di luar sel, sehingga kerusakan dinding sel mikroba akan menyebabkan terjadinya lisis, yang merupakan dasar dari efek bakterisidal terhadap mikroba yang peka.
Antimikroba yang mengganggu keutuhan membran sel mikroba. Kerusakan membran sel menyebabkan keluarnya berbagai komponen dari dalam sel mikroba.
Antimikroba menghambat sintesis protein sel mikroba.
Antimikroba yang menghambat sintesis asam nukleat sel mikroba. Antimikroba yang memiliki mekanisme kerja seperti ini pada umumnya kurang mempunyai sifat toksisitas selektif karena bersifat sitotoksis terhadap sel tubuh manusia.
Kerja senyawa antibakteri dipengaruhi oleh beberapa faktor antara lain konsentrasi senyawa antibakteri yang digunakan, jumlah dan spesies bakteri, suhu, keberadaan bahan organik lain dan pH (Pelczar dan Chan, 1998).

Modul Praktikum Dasar-Dasar Bioteknologi

Modul Praktikum Dasar-Dasar Bioteknologi

Praktikum I : Visualisasi Ekstraksi DNA
Tujuan :
Mengetahui cara mengekstraksi DNA secara sederhana
Melihat presipitasi DNA
Landasan Teori
DNA merupakan suatu polimer besar dengan property karakteristik fisik yang unik. Eksploitasi ukuran dan struktur kimia DNA dapat dilakukan dengan isolasi dan purifikasi.
Sebagian besar teknik isolasi DNA memerlukan lisis sel, yang dilanjutkan dengan ekstraksi protein dengan menggunakan larutan organic berbasis fenol dan presipitasi DNA dalam ethanol. Kemurnian DNA dapat diketahui dengan menggunakan spektrofotometri dengan menghitung ratio hasil pengamatan pada panjang gelombang 260 nm dan 280 nm = 1,8. Keutuhan relative DNA dapat dilakukan dengan gel elektroforesis. Apabila purifikasi diperlukan, metode kromatografi bisa digunakan atau dengan penambahan enzim RNase.
Bahan dan Alat :
Tabung sentrifuge ukuran 50 ml
Beaker glas
Plastik Zip-lock
Saringan
95 % alcohol (ice cold)
Stawberry / tomat
Lysis buffer : detergent (Shampoo Pantene Pro- V)
Garam iodium
Air destilasi
Enzim

Buat 100 ml buffer lisis dengan cara mengambil 90 ml air steril + 10 ml detergent + ¼ sendok garam, kemudian diaduk hingga garam larut / homogeny.
Prosedur :
Ambil 1 buah strawberry, kemudian dibelah / dibagi menjadi 2 bagian.
Letakkan sebagian strawberry kedalam plastic ziplock dan remas-remas dengan jari tangan hingga menjadi cairan juice.
Tambahkan 10 ml buffer lisis kedalam plastic dan tutup kembali.
Lanjutkan meremas plastic kurang lebih 2-3 menit hingga bercampur/ homogeny dengan larutan juice
Kemudian larutan disaring/filter dan biarkan selama 10 menit
Buang saringan dan ekstrak yang ada
Tuangkan sebanyak 30 ml 95 % alcohol dingin ke dalam tabung sentrifuge 50 ml
Lalu tuangkan larutan yang telah disaring kedalam tabung, tutup tabungnya dan diamati sampai terlihar DNA mulai presipitasi sampai beberapa menit.

Praktikum 2 : Analisis sequen DNA dengan Blast
Tujuan : Mengidentifikasi kekerabatan terdekat sekuen DNA isolate

Landasan Teori :
Ketika sequen suatu fragmen DNA telah diketahui, hanya ada sedikit sekali gambaran yang dapat diperoleh dari sekuens tersebut. Analisis sekuens perlu dilakukan untuk mengetahui beberapa karakteristik pentingnya seperti peta restriksi, rangka baca, kodon awal, dan kodon akhir, atau kemungkinan tempat promoternya. Di samping itu, perlu juga dipelajari hubungan kekerabatan suatu sekuens baru dengan beberapa sekuens lainnya yang telah terlebih dahulu diketahui. Biasanya, analisis semacam itu dilakukan menggunakan RDP, FASTA dan BLAST

Bahan dan alat :
Hasil-hasil sekuen
Komputer
LCD
Internet

Prosedur :
Setelah computer dihidupkan, aktifkan sambungan internet
Cari Web BLAST www.ncbi.nlm.nih.gov./Blast.cgi
Click nucleotide blast
Enter query sequen dengan cara copy/paste
Kemudian setelah semua perintah dilengkapi click submit
Tunggu beberapa saat, dan hasil identifikasi sekuen bisa diamati.
Catat hasilnya untuk laporan praktikum

Praktikum 3 Pengolahan Data hasil identifikasi sekuen Menggunakan Program BioInformatika
Tujuan :
Mengetahui cara membuat pohon filogenetik yang menunjukan tingkat kekerabatan terdekat dengan mikroorganisme yang lain

Prosedur Pengolahan Data hasil identifikasi sekuen Menggunakan Program BioInformatika ClustalX dan NJ Plot.

Bahan dan alat :
Hasil-hasil sekuen
Komputer
LCD
Software Bio informatika ClustalX dan NJ Plot.

Langkah-langkah dalam pengolahan data adalah sebagai berikut :
1. Simpan data nukleotida bakteri yang akan diolah dalam bentuk txt
2. Buka program ClustalX kemudian pilih File kemudian Load
3. Pilih data yang sudah disimpan kemudian pilih Allignment dilanjutkan Do Complete Allignment
4. Pilih Tree kemudian ceklish exclude, boot strap dan draw N-J tree. data akan tersimpan dalam bentuk phb, ph dan dnd
5. Selanjutnya buka program N-J plot
6. Buka ketiga data yang tersimpan dalam format phb
7. Setelah data tampil dilanjutkan dengan edit copy untuk memindahkannya ke dalam word

Identifikasi Bakteri Secara Molekuler

Identifikasi Bakteri Secara Molekuler

Dewasa ini telah menjadi jelas bahwa beberapa makromolekul sel dapat menjadi acuan hubungan kekerabatan organisme tersebut dengan organisme lain. Dari penelusuran urutan monomer pada molekul informasi tertentu, didapatkan bahwa perbedaan jarak kekerabatan antara 2 organisme dapat diukur dengan melihat perbedaan nukleotida atau urutan asam amino pada makromolekul yang homogen. Hal ini dapat dilakukan karena jumlah perbedaan sekuen pada sebuah molekul adalah proporsional terhadap jumlah perubahan mutasi pada pengkodean DNA dua organisme tersebut (Madigan et al., 2000).
Banyak molekul yang telah diusulkan untuk dijadikan acuan dan ribosomal RNA adalah pilihan yang sesuai. Ribosomal RNA merupakan molekul yang sempurna karena fungsinya yang konstan pada tiap organisme, tersebar secara universal dan urutan sekuennya terkonservasi dengan baik diantara anggota filogenetik yang luas (Madigan et al., 2000). Ribosom sendiri merupakan komponen sel yang utama dengan jumlah sekitar 20.000 ribosom per sel. Ribosom tersebut mengandung kira-kira 10 % dari seluruh total protein dan sekitar 80 % dari keseluruhan massa sel. Sel bakteri mempunyai ribosom 70S yang terdiri dari unit ribosomal kecil 30S mengandung 21 protein dan satu molekul 16S RNA yang panjangnya 1541 basa. Serta unit ribosomal besar 50S yang mengandung 36 protein, satu molekul 23S rRNA yang panjangnya 2904 basa, dan satu molekul 5S rRNA yang panjangnya 120 basa (Lewin, 1994 dalam Sabdono, 2001).
Sekuen ribosom yang digunakan sebagai acuan adalah 16S rRNA karena panjangnya yang paling sesuai, tidak terlalu pendek seperti pada 5S dan bila dibandingkan dengan 23S, 16S tidak terlalu panjang serta lebih mudah untuk ditangani (Madigan et al., 2000). Sekuen gen 16S rRNA dari mikroorganisme yang baru ditemukan kemudian dapat dibandingkan dengan pustaka sekuen 16S rRNA dari mikroorganisme lain melalui program pelacakan datase Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) (Altschul et al., 1997 dalam Sabdono, 2001).

Bakteri Simbion pada Tunikata

Bakteri Simbion pada Tunikata

Peres matos et al., (2007) melaporkan bahwa bakteri simbion adalah bakteri yang hidup menetap pada suatu bakteri, bakteri simbion biasanya menghasilkan senyawa bioaktif yang sama seperti inangnya. Bakteri simbion selalu ada dalam biota inangnya, contohnya bakteri Endoecteniscidia frumentensis ini diisolasi dari tunikata Ecteniscidia turbinata di Perairan Karibia ternyata juga didapatkan bakteri yang sama dari tunikata Ecteniscidia turbinata dari Perairan Mediterania. Sehingga bakteri simbion sering disebut sebagai bakteri spesifik karena hanya terdapat pada biota tertentu saja.
Bagian permukaan atau bagian dalam invertebrata laut seperti tunikata dan sponge lebih kaya nutrisi daripada sedimen dan air laut, oleh karena itu tunikata dan sponge menawarkan habitat yang subur dan aman bagi mikroorganisme. Di lain pihak, mikroorganisme membantu proses nutrisional, baik melalui digesti intraselular atau dengan translokasi metabolit termasuk fiksasi nitrogen, nitrifikasi dan fotosintesis (Osinga et al., 2001).
Mikroorganisme juga menstabilkan skeleton tunikata dan sponge sehingga ikut berperan dalam sistem pertahanan kimiawi tunikata dan sponge melawan predator dan biofouling. Bakteri yang berkumpul pada tunikata dan sponge memungkinkan terjadinya isolasi komponen antimikroba, sehingga diduga bakteri turut berperan dalam mekanisme pertahanan invertebrata (Lee et al., 2001).