Identifikasi Bakteri Secara Molekuler

Identifikasi Bakteri Secara Molekuler

Dewasa ini telah menjadi jelas bahwa beberapa makromolekul sel dapat menjadi acuan hubungan kekerabatan organisme tersebut dengan organisme lain. Dari penelusuran urutan monomer pada molekul informasi tertentu, didapatkan bahwa perbedaan jarak kekerabatan antara 2 organisme dapat diukur dengan melihat perbedaan nukleotida atau urutan asam amino pada makromolekul yang homogen. Hal ini dapat dilakukan karena jumlah perbedaan sekuen pada sebuah molekul adalah proporsional terhadap jumlah perubahan mutasi pada pengkodean DNA dua organisme tersebut (Madigan et al., 2000).
Banyak molekul yang telah diusulkan untuk dijadikan acuan dan ribosomal RNA adalah pilihan yang sesuai. Ribosomal RNA merupakan molekul yang sempurna karena fungsinya yang konstan pada tiap organisme, tersebar secara universal dan urutan sekuennya terkonservasi dengan baik diantara anggota filogenetik yang luas (Madigan et al., 2000). Ribosom sendiri merupakan komponen sel yang utama dengan jumlah sekitar 20.000 ribosom per sel. Ribosom tersebut mengandung kira-kira 10 % dari seluruh total protein dan sekitar 80 % dari keseluruhan massa sel. Sel bakteri mempunyai ribosom 70S yang terdiri dari unit ribosomal kecil 30S mengandung 21 protein dan satu molekul 16S RNA yang panjangnya 1541 basa. Serta unit ribosomal besar 50S yang mengandung 36 protein, satu molekul 23S rRNA yang panjangnya 2904 basa, dan satu molekul 5S rRNA yang panjangnya 120 basa (Lewin, 1994 dalam Sabdono, 2001).
Sekuen ribosom yang digunakan sebagai acuan adalah 16S rRNA karena panjangnya yang paling sesuai, tidak terlalu pendek seperti pada 5S dan bila dibandingkan dengan 23S, 16S tidak terlalu panjang serta lebih mudah untuk ditangani (Madigan et al., 2000). Sekuen gen 16S rRNA dari mikroorganisme yang baru ditemukan kemudian dapat dibandingkan dengan pustaka sekuen 16S rRNA dari mikroorganisme lain melalui program pelacakan datase Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) (Altschul et al., 1997 dalam Sabdono, 2001).

Bakteri Simbion pada Tunikata

Bakteri Simbion pada Tunikata

Peres matos et al., (2007) melaporkan bahwa bakteri simbion adalah bakteri yang hidup menetap pada suatu bakteri, bakteri simbion biasanya menghasilkan senyawa bioaktif yang sama seperti inangnya. Bakteri simbion selalu ada dalam biota inangnya, contohnya bakteri Endoecteniscidia frumentensis ini diisolasi dari tunikata Ecteniscidia turbinata di Perairan Karibia ternyata juga didapatkan bakteri yang sama dari tunikata Ecteniscidia turbinata dari Perairan Mediterania. Sehingga bakteri simbion sering disebut sebagai bakteri spesifik karena hanya terdapat pada biota tertentu saja.
Bagian permukaan atau bagian dalam invertebrata laut seperti tunikata dan sponge lebih kaya nutrisi daripada sedimen dan air laut, oleh karena itu tunikata dan sponge menawarkan habitat yang subur dan aman bagi mikroorganisme. Di lain pihak, mikroorganisme membantu proses nutrisional, baik melalui digesti intraselular atau dengan translokasi metabolit termasuk fiksasi nitrogen, nitrifikasi dan fotosintesis (Osinga et al., 2001).
Mikroorganisme juga menstabilkan skeleton tunikata dan sponge sehingga ikut berperan dalam sistem pertahanan kimiawi tunikata dan sponge melawan predator dan biofouling. Bakteri yang berkumpul pada tunikata dan sponge memungkinkan terjadinya isolasi komponen antimikroba, sehingga diduga bakteri turut berperan dalam mekanisme pertahanan invertebrata (Lee et al., 2001).